Ulepszone śledzenie ognisk zatruć pokarmowych salmonellą dzięki nowemu testowi DNA

Salmonella to Gram-ujemne bakterie w kształcie pałeczki, fakultatywne beztlenowe. Zhang i wsp. opracowali czułe i specyficzne testy do wykrywania różnych serotypów Salmonelli, torując drogę do szybkiego serotypowania bezpośrednio z próbek. Źródło:Biblioteka obrazów zdrowia publicznego, amerykańskie centra kontroli i zapobiegania chorobom, James Archer (2019).

Test może szybko i z wyczuciem rozróżniać podtypy Salmonelli, donosi The Journal of Molecular Diagnostics.

Naukowcy informują o opracowaniu czułego i specyficznego testu do wykrywania różnych serotypów Salmonelli , torując drogę do szybkiego serotypowania bezpośrednio z próbek. To ulepszenie obecnych metod testowania może odegrać kluczową rolę w szybkim śledzeniu pochodzenia infekcji. Raport pojawia się w Journal of Molecular Diagnostics , opublikowane przez Elsevier.

Najnowsze dane z Centers for Disease Control and Prevention (CDC) wskazują, że zatrucie pokarmowe spowodowane Salmonellą Bakterie prowadzą do 1,35 miliona infekcji, 26 500 hospitalizacji i 420 zgonów w Stanach Zjednoczonych rocznie. Podczas wybuchu epidemii szybkość i prostota testu wykrywającego określone typy bakterii są ważne dla badaczy zdrowia publicznego w celu wyśledzenia źródła.

Salmonella w próbce klinicznej lub żywności mogą występować w bardzo małych ilościach, a zatem wymagają bardzo czułych metod ich wykrycia. Wielokrotna amplifikacja z przemieszczeniem krzyżowym (MCDA) to metoda, która może szybko wykryć bardzo małe ilości DNA i jest również przeprowadzana w jednej stałej temperaturze, w przeciwieństwie do cykli temperatur wymaganych w innych metodach, takich jak PCR. Dzięki temu dobrze nadaje się do prostego, szybkiego i czułego testu wykrywania bakterii. Chociaż test MCDA na każdą Salmonellę już istnieje, nie rozróżnia różnych serotypów” – wyjaśnił prof. dr Ruiting Lan z School of Biotechnology and Biomolecular Sciences na Uniwersytecie Nowej Południowej Walii w Sydney, NSW, Australia.

Badacze opracowali test MCDA dla każdego z siedmiu celów specyficznych dla serotypów (podtypów) Salmonelli . Wszystkie te testy dokładnie wykrywają zaledwie 10 kopii DNA i mogą dawać wyniki w ciągu około ośmiu minut. Co ważne, testy te nie wymagają specjalistycznego sprzętu do wykrywania, co upraszcza wszelkie przyszłe zastosowania w warunkach klinicznych lub przemysłowych. Łącząc te siedem testów specyficznych dla serowarów z istniejącym testem gatunkowym, Salmonella wykrywanie można uprościć i przyspieszyć.

„Testy opracowane w tym badaniu są wyjątkowe, ponieważ użyte markery genowe zostały wybrane na podstawie analizy tysięcy genomów. Tak więc te znaczniki sprawdzają się w przyszłości Salmonella serotypowanie w erze badań diagnostycznych niezależnych od hodowli” – skomentował profesor Lan.

Tradycyjne metody rozróżniania Salmonelli serotypy obejmują hodowanie bakterii z próbek, a następnie testowanie ich w celu przypisania ich do serotypu. Test MCDA jest szybszy, ponieważ nie wymaga wcześniejszego hodowania bakterii w kulturze. Może raczej wykryć bardzo małe ilości Salmonelli DNA.

Chociaż istnieją setki Salmonelli autorzy wybrali pięć najczęściej występujących w Australii, które powodują ponad 85 procent Salmonelli infekcje w tym kraju. Jednak co najmniej dwa z tych serotypów są również najczęstszymi Salmonellą serotypy na całym świecie, dlatego naukowcy uważają, że wyniki mają zastosowanie w innych regionach geograficznych.

Salmonella bakterie zazwyczaj żyją w jelitach zwierząt i ludzi i są wydalane z kałem. Ludzie mogą zarazić się, spożywając skażoną wodę lub żywność, taką jak surowe lub niedogotowane mięso, drób, jaja lub produkty jajeczne. Możliwe oznaki i objawy Salmonelli zatrucia obejmują nudności, wymioty, skurcze brzucha, biegunkę, gorączkę i ból głowy.

Odniesienie:„Bardzo czułe i specyficzne wykrywanie i serotypowanie pięciu rozpowszechnionych Salmonelli Serovary by Multiple Cross-Displacement Amplification”, Xiaomei Zhang, Michael Payne, Qinning Wang, Vitali Sintchenko i Ruiting Lan, 28 kwietnia 2020 r., Journal of Molecular Diagnostics .
DOI:10.1016/j.jmoldx.2020.02.006