Mina första uBiome-resultat – augusti 2015

Del 1 av detta inlägg:Jag skickade nyligen in ett avföringsprov till uBiome som du kan läsa mer om här.

När du har fått tillbaka dina första uBiome-resultat rekommenderar jag att du väljer länken "Ladda ner taxonamy" i uBiome-instrumentpanelen och sedan sparar sidan som dyker upp någonstans på din dator, och ser till att den har filen som slutar .json. Detta kommer att placera uBiome-data i ett kalkylblad som sedan är mycket lättare att manipulera än när du bara har det i uBiome-instrumentpanelen.

Du kan sedan följa denna handledning av Richard Sprague https://blog.richardsprague.com/2015/01/how-to-analyze-ubiome-sample-in-excel.html som hjälper dig att analysera data ytterligare.

Jag är inte på något sätt någon form av expert på tarmmikrobiomet, det finns så mycket vi inte vet ännu och att kunna ta prov på dina tarmbakterier med hjälp av uBiome-tekniken är helt nytt. Resultaten är inte 100% korrekta och kan inte användas som ett diagnostiskt verktyg, bara för att ge ledtrådar om vad som pågår. Om du har specifika hälsoproblem som du vill gå till botten med, finns det mycket mer omfattande avföringsanalystester som du kan ha gjort som Geneva Diagnostics-testerna. uBiome är mer för skojs skull!

Den första punkten att notera är att de flesta tarmmikrobiella arter tillhör fyra huvudfylor:de gramnegativa Bacteroidetes och Proteobakterier och de grampositiva Firmicutes och Actinobacteria . Så förvänta dig att se dessa fyra phyla av bakterier som utgör majoriteten av dina provresultat. Bacteroidetes och Firmicutes kommer att utgöra huvuddelen av allas prov; dessa är normala tarmbakterier för alla.

Mina resultat

• Bacteroidetes 58,61 % – (53 % av detta är ett släkte – Prevotella. Jag matchar Burkina Faso-barnen!)
• Proteobakterier 3,20 %

• Firmicutes 35,27 % – (95 % av dessa är Clostridia)
• Actinobacteria 0,35 %

Jämförelse med andra

Intressepunkter:

1. Mitt förhållande mellan Bacteroidetes och Firmicutes skiljer sig ganska mycket från nästan alla andra grupper, men mest liknar andra paleoditare. Alla andra grupper inklusive gruppen "alla prover" har fler Firmicutes än Bacteroidetes och paleo-dieters har ungefär lika stora mängder. Se anteckningarna nedan om detta.
2. Mina proteobakterier är högre än någon annan grupp förutom storkonsumenter (som har en enorm andel jämfört med uBiome-genomsnittet). Filen Proteobacteria inkluderar en vem är vem av skurkar som stammar av E. Coli, Salmonella, Vibrio och Helicobacter – inte bra. Men mitt prov visade inte några av dessa speciella patogener och jag är inte så orolig över den höga mängden med tanke på att jag är gravid och en studie som tittade på tarmmikrobiotan (se anteckningarna nedan) fann att proteobakterier ökade hos majoriteten av kvinnor med tredje trimestern. Jag planerar att göra ett nytt uBiome-test efter att jag har fått barnet att jämföra.
3. Mina Actinobacteria (som inkluderar "bra" bakterier som Bifidobacterium) är låga i jämförelse med alla andra grupper förutom andra paleo-dietare, som i genomsnitt har ännu lägre mängder. Har detta med graviditet att göra eller har detta med en fiberfattig kost att göra? Vem vet?

Firmicutes till Bacteroidetes ratio (F/B-förhållande)

Två grupper av nyttiga bakterier är dominerande i människans tarm, Bacteroidetes och Firmicutes. En studie publicerad i Nature 2006 visade att den relativa andelen Bacteroidetes minskar hos överviktiga personer jämfört med magra personer (överviktiga personer har mer Firmicutes och mindre Bacteroidetes), och att andelen Bacteroidetes ökar med viktminskning (andra studier har funnit att samma sak). Om du upptäcker att du har mer Firmicutes än Bacteroidetes kan du ha svårare att gå ner i vikt och hålla vikten än någon med en annan profil.

Jag har alltid varit smal och aldrig haft några problem med vikten (min vikt är mellan 8 och 8 1/2 stone (112-119 pounds) så jag tyckte det var intressant att se mitt förhållande stämmer överens med vad som kan förväntas - d.v.s. jag har fler Bacteroidetes och mindre Firmicutes. Men mitt förhållande skiljer sig ganska mycket från alla andra grupper. Jag har ingen aning om detta är signifikant på något sätt och det finns studier som inte heller har funnit någon korrelation mellan förhållandet och fetma.

En av tre typer av tarm-ekosystem

Förekomsten av enterotyper i tarmen är fortfarande en fråga om debatt. Men följande, hämtat från Wikipedia, förklarar:

"En enterotyp är en klassificering av levande organismer baserad på dess bakteriologiska ekosystem i tarmmikrobiomet. Upptäckten av tre mänskliga enterotyper tillkännagavs i aprilnumret av Nature 2011 av Peer Bork och hans medarbetare. De fann att enterotyper inte dikteras av ålder, kön, kroppsvikt eller nationella indelningar. Det finns indikationer på att långvarig kost påverkar enterotypen.

• Typ 1 kännetecknas av höga nivåer av Bacteroides
• Typ 2 har få Bacteroides men Prevotella är vanliga
• Typ 3 har höga halter av ruminococcus

I en studie av tarmbakterier hos barn i Burkina Faso (i Afrika) utgjorde Prevotella 53 % av tarmbakterierna, men saknades hos åldersmatchade europeiska barn.

Studier tyder också på att långtidsdiet är starkt förknippat med tarmmikrobiomets sammansättning - de som äter mycket protein och animaliska fetter som är typiska för västerländsk kost har till övervägande del Bacteroides-bakterier, medan för dem som konsumerar mer kolhydrater, särskilt fibrer, dominerar Prevotella-arterna .”

Om jag hade behövt förutsäga vad som skulle dominera i min tarm skulle jag ha sagt Bacteroides eftersom jag har ätit en typisk västerländsk kost under större delen av mitt liv och jag har alltid ätit mycket kött, fisk, ägg och animaliskt fett. Under de senaste två åren har jag ätit mestadels paleo-stil, rik på alla dessa livsmedel. Under ganska många år innan jag upptäckte paleo åt jag en diet med lägre kolhydrater i linje med Atkins-dieten. Så jag tycker att det är konstigt att min tarm domineras av Prevotella, som enligt uBiome är vanligare "i tarmen hos vegetarianer, icke-västerlänningar och andra som äter en kost rik på kolhydrater och låg på protein och animaliskt fett." Jag äter MYCKET växtbaserad mat såväl som kött, förmodligen runt 8-10 portioner frukt och grönsaker varje dag, så det kanske förklarar lite varför Prevotella dominerar.

Mångfald

Medan hela poolen av möjliga medlemmar av mikrobiotan är stor (mer än 1 000 arter), visar sig ett mycket mindre antal, 150 till 170 arter, dominera hos en given individ. I allmänhet har en hög mångfald av organismer associerats med tillstånd av relativt god hälsa, medan låg mångfald har associerats med sjukdomstillstånd eller kronisk dysfunktion i den vetenskapliga litteraturen. Med hjälp av MG-Rast och med generös hjälp av Tim Steele (kolla in hans blogg som är en fantastisk källa till information), har jag beräknat ett mångfaldspoäng för detta urval på 14,67 vilket är lågt . Enligt Tim "Generellt för människor som äter mycket fibrer och särskilt resistent stärkelse, kommer mångfalden att vara i intervallet 30-50. Mindre mångfald är generellt förknippat med tarmdysbios och fiberfattig kost." (För närvarande är jag dock inte bekymrad över detta – se anteckningar nedan om graviditet). Om du vill analysera dina egna uBiome-resultat med MG-Rast så har Tim skapat en handledning på sin blogg som du hittar här.

Mikrobiomförändringar under graviditeten

När jag tog detta prov var jag gravid i vecka 24. Den här studien tittade på tarmmikrobiotan hos gravida kvinnor under första och tredje trimestern med några intressanta fynd:

"Tarmmikrobiotan förändrades dramatiskt från första (T1) till tredje (T3) trimestern, med en enorm ökning av mångfalden mellan mödrar, en övergripande ökning av proteobakterier och aktinobakterier och minskad rikedom."

"Vi beskriver en dramatisk ombyggnad av tarmmikrobiotan under graviditeten. Första trimesterns tarmmikrobiota liknar varandra och jämförbara med normala friska kontroller, men förändras avsevärt i fylogenetisk sammansättning och struktur under graviditetens gång. I den tredje trimestern har mångfalden mellan individer expanderat kraftigt, även om mångfalden inom individen är minskad, och en anrikning av proteobakterier och aktinobakterier observeras i majoriteten av T3-proverna. Dessutom påverkas mängden av hälsorelaterade bakterier. Till exempel Faecalibacterium , som är en butyratproducent med antiinflammatoriska effekter som är utarmade vid inflammatorisk tarmsjukdom (Sokol et al., 2008), är mindre rikligt i genomsnitt i T3. Vid den tredje trimestern har varje kvinnas mikrobiota avvikit på sätt som inte kunde förutsägas från T1-sammansättningen, och var inte associerade med hälsostatus eller våra dietregister. Icke desto mindre inkluderar skiftet från T1 till T3 hos majoriteten av kvinnor en ökning av förekomsten av proteobakterier, vilket har observerats upprepade gånger för inflammationsassocierade dysbioser (Mukhopadhya et al., 2012).”

"Sammanfattningsvis har vi visat att graviditet är associerad med en djupgående förändring av tarmmikrobiotan. Den första trimesterns tarmmikrobiota liknar i många aspekter den hos friska icke-gravida manliga och kvinnliga kontroller, men i tredje trimestern liknar strukturen och sammansättningen av samhället en sjukdomsrelaterad dysbios som skiljer sig mellan kvinnor. De bakomliggande mekanismerna som resulterar i förändringen av mikrobiotan återstår att klarlägga, men vi spekulerar i att förändringarna i immunsystemet vid framför allt slemhinneytorna utlöser förändringar i mikrobiotan, även om hormonella förändringar också kan vara viktiga.

Dysbios, inflammation och viktökning är egenskaper hos metabolt syndrom, vilket ökar risken för typ 2-diabetes hos icke-gravida individer. Samma förändringar är centrala för normal graviditet, där de kan vara mycket fördelaktiga, eftersom de främjar energilagring i fettvävnad och ger fostrets tillväxt.”

Detta betyder att jag förmodligen inte kan läsa mycket i resultaten av detta prov, särskilt inte mångfaldspoängen eller nivån av proteobakterier. Jag planerar att ta ytterligare ett prov några veckor efter att barnet är fött så att jag kan se hur bilden ser ut då.

Mikrober saknas – vad är betydelsen?

• Jag saknar helt filumen Verrucomicrobia och därför släktet Akkermansia . Detta släkte innehåller en enda gramnegativ art (Akkermansia muciniphilia). Nyligen genomförda studier har visat att Akkermansia muciniphila i tarmkanalen kan mediera fetma, diabetes och inflammation och är en viktig bakterie att ha.
• Låg Actinobacteria totalt och ingen Bifidobacterium‎ upptäckt . Bifidobacterium anses vara extremt fördelaktiga, men när han lyssnade på Tim Spector nyligen på Gut Guardians Podcast sa han att även om förekomsten av bifidobakterier ses som ett tecken på hälsa hos västerlänningar, har många icke-västerlänningar ingen Bifido och att detta är inte problematiskt för dem.
• Låg Christensenellaceae upptäckt och ingen Christensenella upptäckt överhuvudtaget.
• Låg Lactobacillus upptäckt.
• Andra medlemmar (på artnivå) av Grace Lius föreslagna "släktkärna" oupptäckta i mitt prov är Roseburia intestinalis, Eubacteria rectale, Bacteroides vulgatus, Alistipes putredinis . Arter som fanns är Faecallibacterium prausnitzii och Ruminococcus bromii . Roseburia upptäcktes på släktnivå.

Eftersom jag inte är expert på något av detta har jag inte riktigt någon aning om betydelsen, om någon, av dessa saknade bakterier, eller om bilden kommer att bli annorlunda om jag gör ett nytt prov efter graviditeten. Jag deltar i ett webbseminarium med Grace Liu (www.thegutinstitute.com) och Chris Kelly (www.nourishbalancethrive.com) den 24 september 2015, så jag kanske får lite mer insikter efter det!

Patogener i mitt prov

Förekomsten av patogener i ditt uBiome-prov kan vara en anledning till oro om nivåerna är höga. I allmänhet kommer en patogenfri tarm att vara bra. Mitt prov innehöll två arter som är patogena:

• Prevotella copri – 2,4 %
• Cronobacter sakazakii 2,35 %

Jag har ingen aning om halterna av dessa anses vara höga eller om de ger anledning till oro. Det verkade inte finnas någon av de mer välbekanta patogena arterna som E.coli, Salmonella, Shigella eller H. pylori i mitt prov. Det är möjligt att ha patogena bakterier som finns i tarmen som inte orsakar några problem och det kan vara först efter, t.ex. en antibiotikakur, som dessa patogener kan blomma ut och orsaka problem.

Vad kan du göra för att förbättra din tarmmikrobiotaprofil?

För att främja och upprätthålla nyttiga bakteriella kommensaler, överväg att lägga till probiotika (levande bakterier), öka mängden fibrer i din kost och/eller prebiotiska kosttillskott (produkter för att stödja inhemsk mikrobiota).

Probiotika

• Laktobacillus
• Bifidobakterier
• Markbaserade organismer

Jag tror att en av de bästa probiotika som nu finns på marknaden (och även tillverkad i Storbritannien) är Elixa-Probiotic som innehåller en mycket hög styrka av 9 stammar av Lactobacillus och Bifidobacteria. Tommy Wood och jag spelade nyligen in ett avsnitt av Eat Better Podcast med Karl Seddon, grundaren av Elixa, som du kan lyssna på här.

Öka mängden fibrer i din kost 

Prebiotika 

• Psyllium
• Beta-glukan (havrekli)
• Frukto-oligosackarider (Yacon)
• Galakto-oligosackarider (Bimuno)
• Inulin (cikoriarotpulver)
• Arabinogalaktan
• Acacia (Ljungs magfiber)

Botanik

Botaniska produkter (berberin, neem etc) kan också användas för att minska eller modulera tarmbakterier. Läs mer om detta på Grace Lius blogg.

Läs om My High-Fibre Paleo Experiment och håll utkik efter en uppdatering efter att jag har skickat efterföljande prover till uBiome.

Letar du efter mer information som denna för att hjälpa dig att få optimal hälsa? Överväg att registrera dig för vår 30 dagars viktminskningsplan för Paleo-diet. Inkluderar inköpslistor, alla frukost-, lunch- och middagsrecept för de 30 dagarna, 4 veckors måltidsplaner samt massor av tips och information. Du kommer att få en personlig service som inkluderar ett dagligt motiverande e-postmeddelande PLUS  ett gratis exemplar av vår e-bok som innehåller ytterligare 100+ spannmålsfria recept.