Część 1 tego postu:Niedawno przesłałem próbkę stolca do uBiome, o której możesz przeczytać więcej tutaj.
Po odzyskaniu pierwszych wyników uBiome zalecam wybranie linku „Pobierz taksonamię” na pulpicie nawigacyjnym uBiome, a następnie zapisanie strony, która pojawi się gdzieś na komputerze, upewniając się, że ma plik z rozszerzeniem .json. Spowoduje to umieszczenie danych uBiome w arkuszu kalkulacyjnym, który jest wtedy znacznie łatwiejszy do manipulowania niż wtedy, gdy masz je tylko na pulpicie nawigacyjnym uBiome.
Następnie możesz skorzystać z tego samouczka Richarda Sprague'a https://blog.richardsprague.com/2015/01/how-to-analyze-ubiome-sample-in-excel.html, który pomoże Ci w dalszej analizie danych.
W żadnym wypadku nie jestem ekspertem w dziedzinie mikrobiomu jelitowego, jest jeszcze tak wiele, o których jeszcze nie wiemy, a możliwość pobrania próbki bakterii jelitowych za pomocą technologii uBiome jest bardzo nowa. Wyniki nie są w 100% dokładne i nie mogą być wykorzystywane jako narzędzie diagnostyczne, a jedynie dostarczają wskazówek, co się dzieje. Jeśli masz konkretne problemy zdrowotne, które chcesz dotrzeć do sedna, istnieją znacznie bardziej kompleksowe testy analizy stolca, które możesz wykonać, takie jak testy Geneva Diagnostics. uBiome to więcej zabawy!
Pierwszą kwestią, na którą należy zwrócić uwagę, jest to, że większość gatunków drobnoustrojów jelitowych należy do czterech głównych typów:gram-ujemnych Bacteroidetes i Proteobakterie i gram-dodatnie Firmicute i Promieniowce . Spodziewaj się więc, że te cztery typy bakterii stanowią większość wyników próbek. Bacteroidetes i Firmicutes będą stanowić większość próbki każdego; to są normalne bakterie jelitowe dla każdego.
Moje wyniki
- Bacteroidetes 58,61% – (53% to jeden rodzaj – Prevotella. Pasuję do dzieci z Burkina Faso!)
- Proteobakterie 3,20%
- Firmicutes 35,27% – (95% z nich to Clostridia)
- Promieniowce 0,35%
Porównanie z innymi
Użyteczne miejsca:
- Mój stosunek Bacteroidetes do Firmicutes jest zupełnie inny niż w prawie każdej innej grupie, ale najbardziej podobny do innych dietetyków paleo. Wszystkie inne grupy, w tym grupa „wszystkie próbki”, mają więcej Firmicutes niż Bacteroidetes i dietetycy paleo mają mniej więcej takie same ilości. Zobacz uwagi na ten temat poniżej.
- Moje proteobakterie są wyższe niż jakakolwiek inna grupa, z wyjątkiem osób intensywnie pijących (którzy mają ogromny udział w porównaniu ze średnią uBiome). Typ Proteobacteria obejmuje kto jest kim ze złych ludzi, takich jak szczepy E. Coli, Salmonella, Vibrio i Helicobacter – nie jest to dobra rzecz. Jednak moja próbka nie wykazywała żadnego z tych konkretnych patogenów i nie martwię się zbyt dużą ilością, biorąc pod uwagę, że jestem w ciąży, a badanie dotyczące mikroflory jelitowej (patrz uwagi poniżej) wykazało, że liczba Proteobacteria wzrosła u większości kobiet przez trzeci trymestr. Planuję zrobić kolejny test uBiome po urodzeniu dziecka do porównania.
- Moje promieniowce (do których należą „dobre” bakterie, takie jak Bifidobacterium) są niskie w porównaniu ze wszystkimi innymi grupami, z wyjątkiem innych osób na diecie paleo, które średnio mają jeszcze mniejsze ilości. Czy ma to związek z ciążą, czy z dietą ubogą w błonnik? Kto wie?
Stosunek Firmicute do Bacteroidetes (Współczynnik F/B)
W jelitach człowieka dominują dwie grupy pożytecznych bakterii:Bacteroidetes i Firmicutes. Badanie opublikowane w Nature w 2006 roku wykazało, że względna proporcja Bacteroidetes jest zmniejszona u osób otyłych w porównaniu z osobami szczupłymi (osoby otyłe mają więcej Firmicutes i mniej Bacteroidetes) oraz że proporcja Bacteroidetes wzrasta wraz z utratą wagi (inne badania wykazały, że ta sama rzecz). Jeśli okaże się, że masz więcej Firmicutes niż Bacteroidetes, może być trudniej schudnąć i utrzymać wagę niż komuś o innym profilu.
Zawsze byłam szczupła i nigdy nie miałam problemów z wagą (moja waga wynosi od 8 do 8 1/2 kamienia (112-119 funtów), więc zaciekawiło mnie, że mój stosunek jest zgodny z oczekiwaniami – tj. mam więcej Bacteroidetes i mniej Firmicutes. Jednak mój stosunek jest zupełnie inny niż w każdej innej grupie. Nie mam pojęcia, czy jest to w jakikolwiek sposób znaczące, a istnieją badania, które również nie wykazały korelacji między stosunkiem a otyłością.
Jeden z trzech typów ekosystemów jelitowych
Istnienie enterotypów jelitowych jest nadal przedmiotem dyskusji. Jednak poniższe, zaczerpnięte z Wikipedii, wyjaśnia:
„enterotyp to klasyfikacja żywych organizmów oparta na ich ekosystemie bakteriologicznym w mikrobiomie jelitowym. Odkrycie trzech ludzkich enterotypów zostało ogłoszone w kwietniowym wydaniu Nature przez Peer Borka i jego współpracowników. Odkryli, że enterotypy nie są podyktowane wiekiem, płcią, masą ciała ani podziałami narodowymi. Istnieją przesłanki, że długoterminowa dieta wpływa na enterotyp.
- Typ 1 charakteryzuje się wysokim poziomem Bacteroides
- Typ 2 ma niewiele Bacteroides, ale Prevotella są powszechne
- Typ 3 ma wysoki poziom Ruminococcus
W badaniu bakterii jelitowych dzieci w Burkina Faso (w Afryce) Prevotella stanowiła 53% bakterii jelitowych, ale nie występowała u dzieci w Europie w tym samym wieku.
Badania wskazują również, że długoterminowa dieta jest silnie powiązana ze składem mikrobiomu jelit – ci, którzy jedzą dużo białka i tłuszczów zwierzęcych typowych dla diety zachodniej, mają głównie bakterie Bacteroides, podczas gdy u tych, którzy spożywają więcej węglowodanów, zwłaszcza błonnika, dominują gatunki Prevotella ”.
Gdybym miał przewidzieć, co będzie dominować w moich jelitach, powiedziałbym Bacteroides, ponieważ przez większość mojego życia stosowałem typową zachodnią dietę i zawsze jadłem dużo mięsa, ryb, jajek i tłuszczów zwierzęcych. Przez ostatnie dwa lata stosowałem dietę w większości w stylu paleo, bogatą we wszystkie te produkty. Przez kilka lat przed odkryciem paleo stosowałem dietę o niższej zawartości węglowodanów, podobną do diety Atkinsa. Dlatego wydaje mi się dziwne, że w moich jelitach dominuje Prevotella, która według uBiome jest bardziej powszechna „w jelitach wegetarian, osób spoza Zachodu i innych, którzy stosują dietę bogatą w węglowodany oraz ubogą w białko i tłuszcze zwierzęce”. Jem DUŻO produktów pochodzenia roślinnego, a także mięsa, prawdopodobnie około 8-10 porcji owoców i warzyw dziennie, więc może to wyjaśnia trochę, dlaczego Prevotella dominuje.
Różnorodność
Podczas gdy cała pula możliwych członków mikroflory jest duża (ponad 1000 gatunków), okazuje się, że u każdego osobnika dominuje znacznie mniejsza liczba, od 150 do 170 gatunków. Ogólnie w literaturze naukowej duża różnorodność organizmów jest powiązana ze stanami względnie dobrego zdrowia, podczas gdy mała różnorodność jest związana ze stanami chorobowymi lub przewlekłą dysfunkcją. Korzystając z MG-Rast i przy hojnej pomocy Tima Steele'a (sprawdź jego bloga, który jest fantastycznym źródłem informacji), obliczyłem wynik różnorodności dla tej próbki 14,67, co jest niskie . Według Tima „Ogólnie dla osób jedzących dużo błonnika, a zwłaszcza odpornej skrobi, różnorodność będzie w przedziale 30-50. Mniejsza różnorodność jest ogólnie związana z dysbiozą jelit i dietami ubogimi w błonnik”. (W tej chwili jednak nie przejmuję się tym – patrz uwagi poniżej dotyczące ciąży). Jeśli chcesz przeanalizować własne wyniki uBiome za pomocą MG-Rast, Tim stworzył na swoim blogu samouczek, który możesz znaleźć tutaj.
Zmiany mikrobiomu w ciąży
Kiedy pobrałem tę próbkę, byłem w 24 tygodniu ciąży. To badanie dotyczyło mikroflory jelitowej kobiety w ciąży w pierwszym i trzecim trymestrze z kilkoma interesującymi odkryciami:
„Mikrobiota jelitowa zmieniła się radykalnie od pierwszego (T1) do trzeciego (T3) trymestru, przy ogromnej ekspansji różnorodności między matkami, ogólnym wzrostem liczby Proteobakterii i promieniowców oraz zmniejszonym bogactwem”.
„Opisujemy dramatyczną przebudowę mikroflory jelitowej w trakcie ciąży. Mikroflora jelitowa pierwszego trymestru jest do siebie podobna i porównywalna do tej u zdrowych osób z grupy kontrolnej, ale w trakcie ciąży znacznie zmienia się ich skład filogenetyczny i struktura. W trzecim trymestrze zróżnicowanie międzyosobnicze znacznie się rozszerzyło, mimo że różnorodność w obrębie osobnika jest zmniejszona, a wzbogacenie w Proteobacteria i Actinobacteria obserwuje się w większości próbek T3. Ponadto wpływa to na obfitość bakterii związanych ze zdrowiem. Na przykład Faecalibacterium , który jest producentem maślanu o działaniu przeciwzapalnym, który jest zubożony w nieswoistym zapaleniu jelit (Sokol et al., 2008), jest średnio mniej obfity w T3. W trzecim trymestrze mikrobiota każdej kobiety zmieniła się w sposób, którego nie można było przewidzieć na podstawie składu T1 i nie były one związane ze stanem zdrowia ani z naszymi danymi żywieniowymi. Niemniej jednak u większości kobiet przejście z T1 do T3 obejmuje wzrost liczebności Proteobacteria, co wielokrotnie obserwowano w przypadku dysbioz związanych ze stanem zapalnym (Mukhopadhya et al., 2012).”
„Podsumowując, wykazaliśmy, że ciąża jest związana z głęboką zmianą mikroflory jelitowej. Mikrobiota jelitowa pierwszego trymestru jest pod wieloma względami podobna do tej u zdrowych nieciężarnych mężczyzn i kobiet, ale w trzecim trymestrze struktura i skład społeczności przypomina związaną z chorobą dysbiozę, która różni się u kobiet. Mechanizmy leżące u podstaw zmian w mikroflorze pozostają do wyjaśnienia, ale spekulujemy, że zmiany w układzie odpornościowym na powierzchni śluzówki, w szczególności wywołują zmiany w mikroflorze, chociaż zmiany hormonalne również mogą być ważne.
Dysbioza, stan zapalny i przyrost masy ciała to cechy zespołu metabolicznego, które zwiększają ryzyko cukrzycy typu 2 u osób niebędących w ciąży. Te same zmiany są kluczowe dla normalnej ciąży, gdzie mogą być bardzo korzystne, ponieważ sprzyjają magazynowaniu energii w tkance tłuszczowej i zapewniają wzrost płodu”.
Oznacza to, że prawdopodobnie nie mogę wiele odczytać w wynikach tej próbki, zwłaszcza w wyniku różnorodności lub poziomie Proteobacteria. Planuję pobrać kolejną próbkę kilka tygodni po urodzeniu dziecka, abym mogła wtedy zobaczyć, jak wygląda zdjęcie.
Brakujące drobnoustroje – jakie jest znaczenie?
- Całkowicie brakuje mi gromady Verrucomicrobia, a zatem rodzaju Akkermansia . Ten rodzaj zawiera jeden gatunek Gram-ujemny (Akkermansia muciniphilia). Niedawno przeprowadzone badania wykazały, że Akkermansia muciniphila w przewodzie pokarmowym może pośredniczyć w otyłości, cukrzycy i stanach zapalnych i jest ważną bakterią.
- Ogólnie niski poziom promieniowców i nie wykryto Bifidobacterium . Uważa się, że Bifidobacterium są niezwykle korzystne, jednak słuchając niedawno Tima Spectora w podkaście Gut Guardians, powiedział, że chociaż obecność Bifidobacteria jest postrzegana jako oznaka zdrowia u mieszkańców Zachodu, wielu nie-zachodnich nie ma Bifido i że jest to nie jest to dla nich problematyczne.
- Wykryto niski poziom Christensenellaceae i brak Christensenella w ogóle wykryte.
- Niski Lactobacillus wykryto.
- Inni członkowie (na poziomie gatunku) proponowanego przez Grace Liu „rdzenia przodków” niewykrytych w mojej próbce to Roseburia intestinalis, Eubacteria rectale, Bacteroides vulgatus, Alistipes putredinis . Obecne gatunki to Faecallibacterium prausnitzii i Ruminococcus bromii . Roseburia został wykryty na poziomie rodzaju.
Ponieważ nie jestem ekspertem w żadnej z tych kwestii, tak naprawdę nie mam pojęcia o znaczeniu tych brakujących bakterii, ani o tym, czy jeśli zrobię kolejną próbkę po ciąży, obraz będzie inny. Uczestniczę w webinarze z Grace Liu (www.thegutinstitute.com) i Chrisem Kelly (www.nourishbalancethrive.com) 24 września 2015 r., więc może będę miał więcej spostrzeżeń!
Patogeny w mojej próbce
Obecność patogenów w próbce uBiome może być powodem do niepokoju, jeśli poziomy są wysokie. Ogólnie rzecz biorąc, jelito wolne od patogenów będzie dobrą rzeczą. Moja próbka zawierała dwa gatunki patogenne:
- Prevotella copri – 2,4%
- Cronobacter sakazakii 2,35%
Nie mam pojęcia, czy ich poziomy są uważane za wysokie, czy też są powodem do niepokoju. Wyglądało na to, że w mojej próbce nie było żadnego z bardziej znanych gatunków patogennych, takich jak E.coli, Salmonella, Shigella lub H.pylori. Możliwe jest, że w jelitach znajdują się bakterie chorobotwórcze, które nie powodują żadnych problemów i dopiero po, powiedzmy, cyklu antybiotyków, patogeny te mogą zakwitnąć i spowodować problem.
Co możesz zrobić, aby poprawić swój profil mikroflory jelitowej?
Aby promować i podtrzymywać korzystne komensale bakteryjne, rozważ dodanie probiotyków (żywych bakterii), zwiększenie ilości błonnika w diecie i/lub suplementów prebiotycznych (produkty wspierające miejscową mikrobiotę).
Probiotyki
- Lactobacillus
- Bifidobakterie
- Organizmy glebowe
Uważam, że jednym z najlepszych probiotyków dostępnych obecnie na rynku (i produkowanych również w Wielkiej Brytanii) jest Elixa-Probiotic, który zawiera bardzo wysoką moc 9 szczepów Lactobacillus i Bifidobacteria. Tommy Wood i ja niedawno nagraliśmy odcinek podcastu Eat Better z Karlem Seddonem, założycielem Elixy, którego możecie posłuchać tutaj.
Zwiększenie ilości błonnika w diecie
Prebiotyki
- Psyllium
- Beta-glukan (otręby owsiane)
- Fruktooligosacharydy (Yacon)
- Galaktooligosacharydy (Bimuno)
- Inulina (sproszkowany korzeń cykorii)
- Arabinogalaktan
- Akacja (włókno brzucha Heather)
Botaniczne
Produkty botaniczne (berberyna, neem itp.) mogą być również stosowane do zmniejszania lub modulowania bakterii jelitowych. Więcej informacji na ten temat można znaleźć na blogu Grace Liu.
Przeczytaj o moim eksperymencie High-Fibre Paleo i bądź na bieżąco z aktualizacjami po wysłaniu kolejnych próbek do uBiome.
Czy szukasz więcej takich informacji, które pomogą Ci osiągnąć optymalny stan zdrowia? Rozważ zapisanie się do naszego 30-dniowego planu odchudzania Paleo Diet. Zawiera listy zakupów, wszystkie przepisy na śniadania, obiady i kolacje na 30 dni, plany posiłków na 4 tygodnie, a także wiele wskazówek i informacji. Otrzymasz spersonalizowaną usługę, która obejmuje codzienny e-mail motywacyjny ORAZ bezpłatną kopię naszego e-booka zawierającą dodatkowe ponad 100 przepisów bez zbóż.
