I miei primi risultati di uBiome – Agosto 2015

Parte 1 di questo post:di recente ho inviato un campione di feci a uBiome di cui puoi leggere di più qui.

Una volta ottenuti i primi risultati di uBiome, ti consiglio di selezionare il link "Scarica tassonomia" nella dashboard di uBiome e quindi di salvare la pagina che viene visualizzata da qualche parte sul tuo computer, assicurandoti che abbia il file che termina con .json. Questo metterà i dati di uBiome in un foglio di lavoro che sarà quindi molto più facile da manipolare rispetto a quando li hai solo nella dashboard di uBiome.

Puoi quindi seguire questo tutorial di Richard Sprague https://blog.richardsprague.com/2015/01/how-to-analyze-ubiome-sample-in-excel.html che ti aiuterà ad analizzare ulteriormente i dati.

Non sono affatto un esperto del microbioma intestinale, c'è così tanto che non sappiamo ancora ed essere in grado di campionare i batteri intestinali utilizzando la tecnologia uBiome è tutto molto nuovo. I risultati non sono accurati al 100% e non possono essere utilizzati come strumento diagnostico, ma solo per fornire indizi su ciò che sta accadendo. Se hai problemi di salute specifici di cui vuoi andare a fondo, ci sono test di analisi delle feci molto più completi che puoi aver fatto come i test diagnostici di Ginevra. uBiome è più divertente!

Il primo punto da notare è che la maggior parte delle specie microbiche intestinali appartiene a quattro phyla principali:i Bacteroidetes gram-negativi e Proteobatteri e il gram-positivo Firmicutes e Attinobatteri . Quindi aspettati di vedere questi quattro phyla di batteri che costituiscono la maggior parte dei risultati del tuo campione. Bacteroidetes e Firmicutes costituiranno la maggior parte del campione di tutti; questi sono normali batteri intestinali per tutti.

I miei risultati

• Bacteroidetes 58,61% – (il 53% di questo è un genere – Prevotella. Mi associo ai bambini del Burkina Faso!)
• Proteobatteri 3,20%

• Firmicutes 35,27% – (di questi il ​​95% sono Clostridia)
• Attinobatteri 0,35%

Confronto con gli altri

Punti di interesse:

1. Il mio rapporto tra Bacteroidetes e Firmicutes è abbastanza diverso da quasi tutti gli altri gruppi, ma molto simile ad altri paleo dietisti. Tutti gli altri gruppi, incluso il gruppo "tutti i campioni", hanno più Firmicutes che Bacteroidetes e i paleo dietisti ne hanno quantità circa uguali. Vedi le note sotto su questo.
2. I miei Proteobatteri sono più alti di qualsiasi altro gruppo ad eccezione dei forti bevitori (che hanno una proporzione enorme rispetto alla media di uBiome). Il phylum Proteobacteria include un who's who dei cattivi come ceppi di E. Coli, Salmonella, Vibrio e Helicobacter - non una buona cosa. Tuttavia, il mio campione non ha mostrato nessuno di questi particolari agenti patogeni e non sono troppo preoccupato per l'elevata quantità considerando che sono incinta e uno studio che ha esaminato il microbiota intestinale (vedi note sotto) ha rilevato che i proteobatteri sono aumentati nella maggior parte delle donne dal terzo trimestre. Ho intenzione di fare un altro test uBiome dopo aver avuto il bambino da confrontare.
3. I miei Actinobacteria (che includono batteri "buoni" come il Bifidobacterium) sono bassi rispetto a tutti gli altri gruppi ad eccezione degli altri paleodietetici, che in media ne hanno quantità ancora inferiori. Ha a che fare con la gravidanza o ha a che fare con una dieta povera di fibre? Chi lo sa?

Rapporto Firmicutes a Bacteroidetes (Rapporto F/B)

Due gruppi di batteri benefici sono dominanti nell'intestino umano, i Bacteroidetes e i Firmicutes. Uno studio pubblicato su Nature nel 2006 ha mostrato che la proporzione relativa di Bacteroidetes è diminuita nelle persone obese rispetto alle persone magre (le persone obese hanno più Firmicutes e meno Bacteroidetes) e che la proporzione di Bacteroidetes aumenta con la perdita di peso (altri studi hanno trovato il stessa cosa). Se scopri di avere più Firmicutes che Bacteroidetes, potresti trovare più difficile perdere peso e mantenere il peso lontano rispetto a qualcuno con un profilo diverso.

Sono sempre stato magro e non ho mai avuto problemi con il peso (il mio peso è compreso tra 8 e 8 1/2 pietre (112-119 libbre) quindi ho trovato interessante vedere il mio rapporto corrispondere a quello che ci si aspetterebbe, cioè ho più Bacteroidetes e meno Firmicutes. Tuttavia, il mio rapporto è abbastanza diverso da qualsiasi altro gruppo. Non ho idea se questo sia in qualche modo significativo e ci sono studi che non hanno trovato alcuna correlazione tra il rapporto e l'obesità.

Uno dei tre tipi di ecosistemi intestinali

L'esistenza degli enterotipi intestinali è ancora oggetto di dibattito. Tuttavia, quanto segue, tratto da Wikipedia, spiega:

"Un enterotipo è una classificazione degli organismi viventi basata sul suo ecosistema batteriologico nel microbioma intestinale. La scoperta di tre enterotipi umani è stata annunciata nel numero di aprile 2011 di Nature da Peer Bork e dai suoi collaboratori. Hanno scoperto che gli enterotipi non sono dettati da età, sesso, peso corporeo o divisioni nazionali. Ci sono indicazioni che la dieta a lungo termine influenzi l'enterotipo.

• Il tipo 1 è caratterizzato da alti livelli di Bacteroides
• Il tipo 2 ha pochi Bacteroides ma i Prevotella sono comuni
• Il tipo 3 ha alti livelli di Ruminococcus

In uno studio sui batteri intestinali dei bambini in Burkina Faso (in Africa), Prevotella costituiva il 53% dei batteri intestinali, ma era assente nei bambini europei di pari età.

Gli studi indicano anche che la dieta a lungo termine è fortemente associata alla composizione del microbioma intestinale:coloro che mangiano molte proteine ​​e grassi animali tipici della dieta occidentale hanno prevalentemente batteri Bacteroides, mentre per coloro che consumano più carboidrati, in particolare fibre, la specie Prevotella domina ."

Se avessi dovuto prevedere cosa avrebbe dominato nel mio intestino avrei detto Bacteroides poiché ho seguito una dieta tipica occidentale per la maggior parte della mia vita e ho sempre mangiato molta carne, pesce, uova e grassi animali. Negli ultimi due anni ho seguito una dieta prevalentemente in stile paleo, ricca di tutti questi alimenti. Per parecchi anni prima di scoprire il paleo, ho mangiato una dieta a basso contenuto di carboidrati sulla falsariga della dieta Atkins. Quindi trovo strano che il mio intestino sia dominato dalla Prevotella, che secondo uBiome è più comune "nell'intestino di vegetariani, non occidentali e altri che seguono una dieta ricca di carboidrati e povera di proteine ​​e grassi animali". Mangio MOLTO cibi a base vegetale oltre alla carne, probabilmente circa 8-10 porzioni di frutta e verdura ogni giorno, quindi forse questo spiega un po' perché la Prevotella domina.

Diversità

Sebbene l'intero pool di possibili membri del microbiota sia ampio (maggiore di 1000 specie), si trova che un numero molto più piccolo, da 150 a 170 specie, predomina in un dato individuo. In generale, un'elevata diversità di organismi è stata associata a stati di salute relativamente buona, mentre una bassa diversità è stata associata a stati di malattia o disfunzioni croniche nella letteratura scientifica. Utilizzando MG-Rast e con il generoso aiuto di Tim Steele (controlla il suo blog che è una fantastica fonte di informazioni), ho calcolato un punteggio di diversità per questo campione di 14,67 che è basso . Secondo Tim “generalmente per le persone che mangiano molte fibre e soprattutto amido resistente, la diversità sarà nell'intervallo 30-50. Una minore diversità generalmente è associata alla disbiosi intestinale e alle diete povere di fibre”. (Al momento però non sono preoccupato per questo – vedi note sotto sulla gravidanza). Se vuoi analizzare i tuoi risultati uBiome usando MG-Rast, Tim ha creato un tutorial sul suo blog che puoi trovare qui.

Cambiamenti del microbioma in gravidanza

Quando ho preso questo campione ero incinta di circa 24 settimane. Questo studio ha esaminato il microbiota intestinale di una donna incinta nel primo e nel terzo trimestre con alcuni risultati interessanti:

"Il microbiota intestinale è cambiato drasticamente dal primo (T1) al terzo (T3) trimestre, con una vasta espansione della diversità tra le madri, un aumento generale dei proteobatteri e degli actinobatteri e una ridotta ricchezza".

“Descriviamo un drammatico rimodellamento del microbiota intestinale nel corso della gravidanza. Il microbiota intestinale del primo trimestre è simile tra loro e paragonabile a quello dei normali controlli sani, ma cambia sostanzialmente nella composizione filogenetica e nella struttura nel corso della gravidanza. Entro il terzo trimestre, la diversità tra i soggetti si è notevolmente ampliata, anche se la diversità all'interno dei soggetti è ridotta e si osserva un arricchimento di proteobatteri e actinobatteri nella maggior parte dei campioni di T3. Inoltre, l'abbondanza di batteri legati alla salute è influenzata. Ad esempio, Faecalibacterium , che è un produttore di butirrato con effetti antinfiammatori che si esaurisce nella malattia infiammatoria intestinale (Sokol et al., 2008), è in media meno abbondante in T3. Entro il terzo trimestre, il microbiota di ogni donna si è discostato in modi che non potevano essere previsti dalla composizione di T1 e non erano associati allo stato di salute o ai dati della nostra dieta. Tuttavia, nella maggior parte delle donne, il passaggio da T1 a T3 include un aumento dell'abbondanza di Proteobacteria, che è stato osservato ripetutamente per le disbiosi associate all'infiammazione (Mukhopadhya et al., 2012)."

“In sintesi, abbiamo dimostrato che la gravidanza è associata a una profonda alterazione del microbiota intestinale. Il microbiota intestinale del primo trimestre è simile per molti aspetti a quello dei controlli maschi e femmine sani non gravidi, ma nel terzo trimestre la struttura e la composizione della comunità assomiglia a una disbiosi associata alla malattia che differisce tra le donne. Restano da chiarire i meccanismi sottostanti che determinano l'alterazione del microbiota, ma ipotizziamo che i cambiamenti nel sistema immunitario a livello delle superfici mucose, in particolare, precipitino cambiamenti nel microbiota, sebbene anche i cambiamenti ormonali possano essere importanti.

La disbiosi, l'infiammazione e l'aumento di peso sono caratteristiche della sindrome metabolica, che aumenta il rischio di diabete di tipo 2 nelle persone non gravide. Questi stessi cambiamenti sono fondamentali per la normale gravidanza, dove possono essere altamente benefici, poiché promuovono l'accumulo di energia nel tessuto adiposo e favoriscono la crescita del feto".

Ciò significa che probabilmente non riesco a leggere molto nei risultati di questo campione, in particolare non il punteggio di diversità o il livello di proteobatteri. Ho intenzione di prelevare un altro campione alcune settimane dopo la nascita del bambino, così posso vedere come appare l'immagine in quel momento.

Microrganismi mancanti:qual è il significato?

• Mi manca completamente il phylum Verrucomicrobia e quindi il genere Akkermansia . Questo genere contiene una singola specie gram-negativa (Akkermansia muciniphilia). Studi condotti di recente hanno indicato che l'Akkermansia muciniphila nel tratto intestinale può mediare l'obesità, il diabete e l'infiammazione ed è un batterio importante da avere.
• Bassi actinobatteri in generale e nessun bifidobatterio‎ rilevato . Si ritiene che i bifidobatteri siano estremamente benefici, tuttavia, ascoltando recentemente Tim Spector sul podcast Gut Guardians, ha affermato che sebbene la presenza di bifidobatteri sia vista come un segno di salute negli occidentali, molti non occidentali non hanno Bifido e che questo è non è un problema per loro.
• Rilevata Christensenellaceae bassa e nessuna Christensenella rilevato affatto.
• Basso Lactobacillus rilevato.
• Altri membri (a livello di specie) del "nucleo ancestrale" proposto da Grace Liu non rilevati nel mio campione sono Roseburia intestinalis, Eubacteria rectale, Bacteroides vulgatus, Alistipes putredinis . Le specie presenti sono Faecallibacterium prausnitzii e Ruminococcus bromii . Roseburia è stato rilevato a livello di genere.

Dal momento che non sono un'esperta di tutto ciò, non ho davvero idea del significato, se del caso, di questi batteri mancanti, o se faccio un altro campione dopo la gravidanza il quadro sarà diverso. Parteciperò a un webinar con Grace Liu (www.thegutinstitute.com) e Chris Kelly (www.nourishbalancethrive.com) il 24 settembre 2015, quindi forse avrò qualche approfondimento dopo!

Patogeni nel mio campione

La presenza di agenti patogeni nel campione di uBiome può essere motivo di preoccupazione se i livelli sono elevati. Generalmente un intestino privo di agenti patogeni sarà una buona cosa. Il mio campione conteneva due specie patogene:

• Prevotella copri – 2,4%
• Cronobacter sakazakii 2,35%

Non ho idea se i livelli di questi siano considerati alti o se siano motivo di preoccupazione. Nel mio campione non sembrava esserci nessuna delle specie patogene più familiari come E.coli, Salmonella, Shigella o H. pylori. È possibile che nell'intestino risiedano batteri patogeni che non causano alcun problema e potrebbe essere solo dopo, ad esempio un ciclo di antibiotici, che questi agenti patogeni potrebbero fiorire e causare un problema.

Cosa puoi fare per migliorare il tuo profilo di microbiota intestinale?

Per promuovere e sostenere commensali batterici benefici, considera l'aggiunta di probiotici (batteri vivi), aumentando la quantità di fibre nella tua dieta e/o integratori prebiotici (prodotti per supportare il microbiota indigeno).

Probiotici

• Lactobacillus
• Bifidobatteri
• Organismi del suolo

Credo che uno dei migliori probiotici ora disponibili sul mercato (e anche prodotto nel Regno Unito) sia Elixa-Probiotic che contiene un'altissima forza di 9 ceppi di Lactobacillus e Bifidobacteria. Tommy Wood e io abbiamo recentemente registrato un episodio del podcast Eat Better con Karl Seddon, il fondatore di Elixa, che puoi ascoltare qui.

Aumentare la quantità di fibre nella tua dieta 

Prebiotici 

• Psillio
• Beta-glucano (crusca d'avena)
• Frutto-oligosaccaridi (Yacon)
• Galatto-oligosaccaridi (Bimuno)
• Inulina (polvere di radice di cicoria)
• Arabinogalattano
• Acacia (fibra della pancia di Heather)

Botanico

I prodotti botanici (berberina, neem ecc.) possono essere utilizzati anche per diminuire o modulare i batteri intestinali. Per ulteriori informazioni, leggi tutto sul blog di Grace Liu.

Leggi il mio esperimento Paleo ad alta fibra e resta sintonizzato per un aggiornamento dopo che avrò inviato campioni successivi a uBiome.

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