Mes premiers résultats uBiome – Août 2015

Partie 1 de cet article :J'ai récemment soumis un échantillon de selles à uBiome sur lequel vous pouvez en savoir plus ici.

Une fois que vous avez récupéré vos premiers résultats uBiome, je vous recommande de sélectionner le lien "Télécharger taxonamy" dans le tableau de bord uBiome, puis d'enregistrer la page qui apparaît quelque part sur votre ordinateur, en vous assurant qu'elle contient le fichier se terminant par .json. Cela placera les données uBiome dans une feuille de calcul qui sera alors beaucoup plus facile à manipuler que lorsque vous ne les avez que dans le tableau de bord uBiome.

Vous pouvez ensuite suivre ce tutoriel de Richard Sprague https://blog.richardsprague.com/2015/01/how-to-analyze-ubiome-sample-in-excel.html qui vous aidera à analyser plus en profondeur les données.

Je ne suis en aucun cas un expert du microbiome intestinal, il y a tellement de choses que nous ne savons pas encore et pouvoir échantillonner vos bactéries intestinales à l'aide de la technologie uBiome est tout à fait nouveau. Les résultats ne sont pas précis à 100 % et ne peuvent pas être utilisés comme outil de diagnostic, uniquement pour fournir des indices sur ce qui se passe. Si vous avez des problèmes de santé spécifiques que vous souhaitez approfondir, il existe des tests d'analyse des selles beaucoup plus complets que vous pouvez faire, tels que les tests Geneva Diagnostics. uBiome est plus pour le plaisir !

Le premier point à noter est que la plupart des espèces microbiennes intestinales appartiennent à quatre principaux phylums :les Bacteroidetes à Gram négatif. et protéobactéries , et les Firmicutes à Gram positif et Actinobactéries . Attendez-vous donc à voir ces quatre phylums de bactéries constituer la majorité des résultats de vos échantillons. Les Bacteroidetes et les Firmicutes constitueront l'essentiel de l'échantillon de chacun ; ce sont des bactéries intestinales normales pour tout le monde.

Mes résultats

• Bacteroidetes 58,61 % - (53 % de ceci est un genre - Prevotella. Je correspond aux enfants du Burkina Faso !)
• Protéobactéries 3,20 %

• Firmicutes 35,27 % - (dont 95 % sont des Clostridia)
• Actinobactéries 0,35 %

Comparaison avec les autres

Points d'intérêt :

1. Mon rapport Bacteroidetes/Firmicutes est assez différent de presque tous les autres groupes, mais il est plus similaire à celui des autres personnes au régime paléo. Tous les autres groupes, y compris le groupe "tous les échantillons", ont plus de Firmicutes que de Bacteroidetes et les personnes au régime paléo en ont à peu près la même quantité. Voir les notes ci-dessous à ce sujet.
2. Mes protéobactéries sont plus élevées que tout autre groupe, à l'exception des gros buveurs (qui ont une proportion énorme par rapport à la moyenne uBiome). Le phylum Proteobacteria comprend un who's who de méchants comme des souches d'E. Coli, Salmonella, Vibrio et Helicobacter - pas une bonne chose. Cependant, mon échantillon n'a montré aucun de ces agents pathogènes particuliers et je ne suis pas trop inquiet de la quantité élevée étant donné que je suis enceinte et une étude portant sur le microbiote intestinal (voir les notes ci-dessous) a révélé que les protéobactéries augmentaient chez la majorité des femmes par le troisième trimestre. Je prévois de faire un autre test uBiome après avoir eu le bébé pour comparer.
3. Mes actinobactéries (qui incluent les "bonnes" bactéries telles que Bifidobacterium) sont faibles par rapport à tous les autres groupes, à l'exception des autres personnes au régime paléo, qui en ont en moyenne des quantités encore plus faibles. Est-ce lié à la grossesse ou à une alimentation pauvre en fibres ? Qui sait ?

Rapport Firmicutes/Bacteroidetes (Ratio F/B)

Deux groupes de bactéries bénéfiques sont dominants dans l'intestin humain, les Bacteroidetes et les Firmicutes. Une étude publiée dans Nature en 2006 a montré que la proportion relative de Bacteroidetes est diminuée chez les personnes obèses par rapport aux personnes maigres (les personnes obèses ont plus de Firmicutes et moins de Bacteroidetes), et que la proportion de Bacteroidetes augmente avec la perte de poids (d'autres études ont trouvé la même chose). Si vous trouvez que vous avez plus de Firmicutes que de Bacteroidetes, vous aurez peut-être plus de mal à perdre du poids et à maintenir votre poids qu'une personne ayant un profil différent.

J'ai toujours été mince et je n'ai jamais eu de problèmes de poids (mon poids se situe entre 8 et 8 1/2 stone (112-119 livres) donc j'ai trouvé intéressant de voir mon ratio correspondre à ce à quoi on pourrait s'attendre - c'est-à-dire que j'ai plus de Bacteroidetes et moins de Firmicutes. Cependant, mon ratio est assez différent de tout autre groupe. Je n'ai aucune idée si cela est significatif et il y a des études qui n'ont trouvé aucune corrélation entre le ratio et l'obésité.

L'un des trois types d'écosystèmes intestinaux

L'existence d'entérotypes intestinaux fait encore débat. Cependant, ce qui suit, tiré de Wikipédia, explique :

"Un entérotype est une classification des organismes vivants basée sur son écosystème bactériologique dans le microbiome intestinal. La découverte de trois entérotypes humains a été annoncée dans le numéro d'avril 2011 de Nature par Peer Bork et ses associés. Ils ont découvert que les entérotypes ne sont pas dictés par l'âge, le sexe, le poids corporel ou les divisions nationales. Il y a des indications que le régime alimentaire à long terme influence l'entérotype.

• Le type 1 se caractérise par des taux élevés de bactéroïdes
• Le type 2 a peu de Bacteroides mais les Prevotella sont courants
• Le type 3 a des niveaux élevés de Ruminococcus

Dans une étude sur les bactéries intestinales d'enfants au Burkina Faso (en Afrique), Prevotella représentait 53 % des bactéries intestinales, mais était absente chez les enfants européens du même âge.

Des études indiquent également que l'alimentation à long terme est fortement associée à la composition du microbiome intestinal - ceux qui mangent beaucoup de protéines et de graisses animales typiques du régime occidental ont principalement des bactéries Bacteroides, tandis que pour ceux qui consomment plus de glucides, en particulier de fibres, l'espèce Prevotella domine ."

Si j'avais dû prédire ce qui dominerait dans mon intestin, j'aurais dit Bacteroides car j'ai suivi un régime alimentaire occidental typique pendant la majeure partie de ma vie et j'ai toujours mangé beaucoup de viande, de poisson, d'œufs et de graisses animales. Au cours des deux dernières années, j'ai suivi un régime principalement de style paléo, riche en tous ces aliments. Pendant plusieurs années avant de découvrir le paléo, j'ai suivi un régime pauvre en glucides, à l'instar du régime Atkins. Je trouve donc étrange que mon intestin soit dominé par Prevotella, qui selon uBiome est plus fréquent "dans les intestins des végétariens, des non-occidentaux et d'autres personnes qui ont une alimentation riche en glucides et pauvre en protéines et en graisses animales". Je mange BEAUCOUP d'aliments à base de plantes ainsi que de la viande, probablement environ 8 à 10 portions de fruits et légumes par jour, donc cela explique peut-être un peu pourquoi Prevotella domine.

Diversité

Alors que l'ensemble du pool de membres possibles du microbiote est important (plus de 1000 espèces), un nombre beaucoup plus petit, 150 à 170 espèces, prédomine chez un individu donné. En général, une grande diversité d'organismes a été associée à des états de santé relativement bonne, tandis qu'une faible diversité a été associée à des états de maladie ou de dysfonctionnement chronique dans la littérature scientifique. En utilisant MG-Rast et avec l'aide généreuse de Tim Steele (consultez son blog qui est une source d'informations fantastique), j'ai calculé un score de diversité pour cet échantillon de 14,67, ce qui est faible . Selon Tim « Généralement, pour les personnes qui consomment beaucoup de fibres et d'amidon particulièrement résistant, la diversité se situera entre 30 et 50. Une moindre diversité est généralement associée à une dysbiose intestinale et à des régimes pauvres en fibres. (Pour le moment, cependant, cela ne m'inquiète pas - voir les notes ci-dessous sur la grossesse). Si vous souhaitez analyser vos propres résultats uBiome à l'aide de MG-Rast, Tim a créé un tutoriel sur son blog que vous pouvez trouver ici.

Modifications du microbiome pendant la grossesse

Lorsque j'ai pris cet échantillon, j'étais enceinte d'environ 24 semaines. Cette étude a examiné le microbiote intestinal de la femme enceinte au cours des premier et troisième trimestres avec des résultats intéressants :

"Le microbiote intestinal a radicalement changé du premier (T1) au troisième (T3) trimestres, avec une vaste expansion de la diversité entre les mères, une augmentation globale des protéobactéries et des actinobactéries, et une richesse réduite."

« Nous décrivons un remodelage spectaculaire du microbiote intestinal au cours de la grossesse. Les microbiotes intestinaux du premier trimestre sont similaires les uns aux autres et comparables à ceux des témoins sains normaux, mais changent considérablement dans la composition et la structure phylogénétiques au cours de la grossesse. Au troisième trimestre, la diversité inter-sujets s'est considérablement élargie, même si la diversité intra-sujet est réduite, et un enrichissement en protéobactéries et actinobactéries est observé dans la majorité des échantillons T3. De plus, l'abondance de bactéries liées à la santé est impactée. Par exemple, Faecalibacterium , qui est un producteur de butyrate aux effets anti-inflammatoires et appauvri dans les maladies inflammatoires de l'intestin (Sokol et al., 2008), est moins abondant en moyenne en T3. Au troisième trimestre, le microbiote de chaque femme a divergé d'une manière qui ne pouvait pas être prédite à partir de la composition T1, et n'était pas associée à l'état de santé ou à nos dossiers alimentaires. Néanmoins, chez la majorité des femmes, le passage de T1 à T3 inclut une augmentation de l'abondance des protéobactéries, qui a été observée à plusieurs reprises pour les dysbioses associées à l'inflammation (Mukhopadhya et al., 2012).”

« En résumé, nous avons montré que la grossesse était associée à une profonde altération du microbiote intestinal. Le microbiote intestinal du premier trimestre est similaire à bien des égards à celui des témoins masculins et féminins non enceintes en bonne santé, mais au troisième trimestre, la structure et la composition de la communauté ressemblent à une dysbiose associée à la maladie qui diffère chez les femmes. Les mécanismes sous-jacents entraînant l'altération du microbiote restent à clarifier, mais nous supposons que les modifications du système immunitaire au niveau des surfaces muqueuses en particulier précipitent les modifications du microbiote, bien que les modifications hormonales puissent également être importantes.

La dysbiose, l'inflammation et la prise de poids sont des caractéristiques du syndrome métabolique, qui augmente le risque de diabète de type 2 chez les personnes non enceintes. Ces mêmes changements sont au cœur d'une grossesse normale, où ils peuvent être très bénéfiques, car ils favorisent le stockage d'énergie dans les tissus adipeux et assurent la croissance du fœtus. »

Cela signifie que je ne peux probablement pas lire grand-chose dans les résultats de cet échantillon, surtout pas le score de diversité ou le niveau de protéobactéries. Je prévois de prélever un autre échantillon quelques semaines après la naissance du bébé afin que je puisse voir à quoi ressemble la photo.

Microbes manquants :quelle est leur importance ?

• Il me manque complètement le phylum Verrucomicrobia et donc le genre Akkermansia . Ce genre contient une seule espèce gram-négative (Akkermansia muciniphilia). Des études récentes ont indiqué qu'Akkermansia muciniphila dans le tractus intestinal peut être à l'origine de l'obésité, du diabète et de l'inflammation et est une bactérie importante à avoir.
• Faible taux d'actinobactéries dans l'ensemble et aucun bifidobactérie‎ détecté . On pense que les bifidobactéries sont extrêmement bénéfiques, cependant, en écoutant récemment Tim Spector sur le podcast Gut Guardians, il a déclaré que bien que la présence de bifidobactéries soit considérée comme un signe de santé chez les Occidentaux, de nombreux non-Occidentaux n'ont pas de Bifido et que c'est pas problématique pour eux.
• Peu de Christensenellaceae détectées et pas de Christensenella détecté du tout.
• Faible en lactobacilles détecté.
• Les autres membres (au niveau de l'espèce) du "noyau ancestral" proposé par Grace Liu non détectés dans mon échantillon sont Roseburia intestinalis, Eubacteria rectale, Bacteroides vulgatus, Alistipes putredinis . Les espèces présentes sont Faecallibacterium prausnitzii et Ruminococcus bromii . Roseburia a été détecté au niveau du genre.

Comme je ne suis pas un expert dans tout cela, je n'ai aucune idée de l'importance, le cas échéant, de ces bactéries manquantes, ou si je fais un autre échantillon après la grossesse, l'image sera différente. Je participe à un webinaire avec Grace Liu (www.thegutinstitute.com) et Chris Kelly (www.nourishbalancethrive.com) le 24 septembre 2015, alors j'aurai peut-être plus d'informations après !

Pathogènes dans mon échantillon

La présence d'agents pathogènes dans votre échantillon uBiome peut être préoccupante si les niveaux sont élevés. En règle générale, un intestin exempt d'agents pathogènes sera une bonne chose. Mon échantillon contenait deux espèces pathogènes :

• Prevotella copri – 2,4 %
• Cronobacter sakazakii 2,35 %

Je n'ai aucune idée si les niveaux de ceux-ci sont considérés comme élevés ou s'ils sont préoccupants. Il ne semblait y avoir aucune des espèces pathogènes les plus familières telles que E. coli, Salmonella, Shigella ou H. pylori dans mon échantillon. Il est possible que des bactéries pathogènes résidant dans l'intestin ne causent aucun problème et ce n'est peut-être qu'après, disons, une cure d'antibiotiques, que ces agents pathogènes pourraient fleurir et causer un problème.

Que pouvez-vous faire pour améliorer votre profil de microbiote intestinal ?

Pour favoriser et maintenir les commensaux bactériens bénéfiques, envisagez l'ajout de probiotiques (bactéries vivantes), en augmentant la quantité de fibres dans votre alimentation et/ou de suppléments prébiotiques (produits pour soutenir le microbiote indigène).

Probiotiques

• Lactobacilles
• Bifidobactéries
• Organismes du sol

Je pense que l'un des meilleurs probiotiques actuellement disponibles sur le marché (et également fabriqués au Royaume-Uni) est Elixa-Probiotic qui contient une très haute concentration de 9 souches de Lactobacillus et de Bifidobacteria. Tommy Wood et moi avons récemment enregistré un épisode du podcast Eat Better avec Karl Seddon, le fondateur d'Elixa, que vous pouvez écouter ici.

Augmenter la quantité de fibres dans votre alimentation 

Prébiotiques 

• Psyllium
• Bêta-glucane (son d'avoine)
• Fructo-oligosaccharides (Yacon)
• Galacto-oligosaccharides (Bimuno)
• Inuline (poudre de racine de chicorée)
• Arabinogalactane
• Acacia (fibre du ventre de Heather)

Botaniques

Des produits botaniques (berbérine, neem, etc.) peuvent également être utilisés pour diminuer ou moduler les bactéries intestinales. Pour en savoir plus à ce sujet, lisez n'importe quoi sur le blog de Grace Liu.

Lisez à propos de My High-Fibre Paleo Experiment et restez à l'écoute pour une mise à jour après avoir envoyé les échantillons suivants à uBiome.

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