Le Tomato Genomics Consortium a entièrement séquencé le génome de la tomate, Solanum Lycopersicum . Ils rapportent dans le Journal Nature que les tomates possèdent quelque 35 000 gènes disposés sur 12 chromosomes. Cette recherche donne un aperçu de l'évolution des fruits charnus et permettra aux sélectionneurs de plantes de produire plus rapidement de nouvelles variétés avec les caractéristiques spécifiques souhaitées.
Pour la première fois, le génome de la tomate, Solanum lycopersicum , a été décodé, une étape importante vers l'amélioration du rendement, de la nutrition, de la résistance aux maladies, du goût et de la couleur de la tomate et d'autres cultures.
La séquence complète du génome, ainsi que la séquence d'un parent sauvage (Solanum pimpinellifolium ), est publié dans le numéro du 31 mai de la revue Nature . Plus précisément, le génome a été séquencé à partir de la tomate "Heinz 1706".
La publication couronne des années de travail des membres du Tomato Genomics Consortium, une collaboration internationale comprenant l'Argentine, la Belgique, la Chine, la France, l'Allemagne, l'Inde, Israël, l'Italie, le Japon, les Pays-Bas, la Corée du Sud, l'Espagne, le Royaume-Uni et les États-Unis. États.
Les chercheurs du consortium rapportent que les tomates possèdent quelque 35 000 gènes disposés sur 12 chromosomes. "Pour toutes les caractéristiques de la tomate, qu'il s'agisse de goût, de résistance naturelle aux ravageurs ou de contenu nutritionnel, nous avons capturé pratiquement tous ces gènes", a déclaré James Giovannoni, scientifique au Boyce Thompson Institute for Plant Research (BTI, situé sur le campus de Cornell) et le département américain de l'agriculture (USDA) qui dirige l'équipe américaine de séquençage de la tomate, qui comprend des chercheurs de neuf universités, l'USDA et Cold Spring Harbor Laboratory, où la séquence du génome de la tomate sauvage a été développée.
Les séquences de ces gènes et leur disposition sur les chromosomes sont décrites dans l'article de Nature. "La séquence du génome de la tomate donne un aperçu de l'évolution des fruits charnus", déclarent les chercheurs dans l'article ; cela permet également aux sélectionneurs de plantes de produire plus rapidement de nouvelles variétés avec les caractéristiques spécifiques souhaitées.
"La génétique de la tomate sous-tend le potentiel d'amélioration du goût que chaque jardinier amateur connaît et que chaque acheteur de supermarché désire, et la séquence du génome aidera à résoudre ce problème et bien d'autres problèmes de production et de qualité des tomates", a déclaré Giovannoni.
Maintenant que la séquence du génome d'une variété de tomate est connue, il sera plus facile et beaucoup moins coûteux pour les entreprises semencières et les sélectionneurs de plantes de séquencer d'autres variétés pour la recherche et le développement, a-t-il ajouté. Alors que la première séquence du génome de la tomate a coûté des millions de dollars, les suivantes pourraient ne coûter que 10 000 $ ou moins, en s'appuyant sur ces découvertes initiales.
Chez BTI, le scientifique Lukas Mueller et son équipe ont créé un site Web interactif pour donner accès aux séquences génétiques de la tomate et des espèces apparentées, et Zhangjun Fei et Joyce Van Eck ont contribué à la séquence et à son travail d'analyse.
Les fraises, les pommes, les melons, les bananes et de nombreux autres fruits charnus partagent certaines caractéristiques avec les tomates, de sorte que les informations sur les gènes et les voies impliquées dans la maturation des fruits peuvent potentiellement leur être appliquées, a déclaré Giovannoni, contribuant ainsi à améliorer la qualité des aliments, la sécurité alimentaire et réduire les coûts.
"Maintenant, nous pouvons commencer à poser des questions beaucoup plus intéressantes sur la biologie des fruits, la résistance aux maladies, le développement des racines et les qualités nutritionnelles", a déclaré Giovannoni. Les tomates représentent un marché de 2 milliards de dollars rien qu'aux États-Unis. L'USDA estime que les Américains consomment, en moyenne, plus de 72 livres de produits à base de tomates par an.
Le séquençage s'appuie sur le travail critique de Steven Tanksley de Cornell et de Greg Martin de BTI dans les années 1990. Tanksley, Martin et d'autres scientifiques d'Ithaca ont développé des cartes génétiques et d'autres outils moléculaires pour les tomates afin d'étudier les mécanismes de résistance aux maladies, et ces outils ont finalement ouvert la voie aux efforts de séquençage du consortium, a déclaré Giovannoni.
Références :
"La séquence du génome de la tomate donne un aperçu de l'évolution des fruits charnus" par The Tomato Genome Consortium, 30 mai 2012, Nature .
DOI :10.1038/nature11119
« Vous dites tomate » 30 mai 2012, Nature .
DOI :10.1038/485547a
La recherche sur le génome et le séquençage de la tomate aux États-Unis a été soutenue par la National Science Foundation et l'USDA.
