Parte 1 de esta publicación:Hace poco envié una muestra de heces a uBiome sobre la que puede leer más aquí.
Una vez que obtenga sus primeros resultados de uBiome, le recomiendo que seleccione el enlace "Descargar taxonamia" en el panel de control de uBiome y luego guarde la página que aparece en algún lugar de su computadora, asegurándose de que el archivo tenga la terminación .json. Esto colocará los datos de uBiome en una hoja de cálculo que luego será mucho más fácil de manipular que cuando solo los tiene en el panel de control de uBiome.
Luego puede seguir este tutorial de Richard Sprague https://blog.richardsprague.com/2015/01/how-to-analyze-ubiome-sample-in-excel.html que lo ayudará a analizar más los datos.
De ninguna manera soy un experto en el microbioma intestinal, hay mucho que aún no sabemos y poder tomar muestras de sus bacterias intestinales utilizando la tecnología uBiome es muy nuevo. Los resultados no son 100% precisos y no se pueden usar como una herramienta de diagnóstico, solo para proporcionar pistas sobre lo que está sucediendo. Si tiene problemas de salud específicos que desea resolver, existen pruebas de análisis de heces mucho más completas que puede realizar, como las pruebas de diagnóstico de Ginebra. ¡uBiome es más para divertirse!
El primer punto a tener en cuenta es que la mayoría de las especies microbianas intestinales pertenecen a cuatro filos principales:los gramnegativos Bacteroidetes y proteobacterias , y los grampositivos Firmicutes y actinobacterias . Por lo tanto, espere ver estos cuatro filos de bacterias que constituyen la mayoría de los resultados de sus muestras. Bacteroidetes y Firmicutes constituirán la mayor parte de la muestra de todos; estas son bacterias intestinales normales para todos.
Mis resultados
- Bacteroidetes 58,61 % (el 53 % de este es un género:Prevotella. Coincido con los niños de Burkina Faso!)
- Proteobacterias 3,20 %
- Firmicutes 35.27% – (95% de estos son Clostridia)
- Actinobacterias 0,35 %
Comparación con otros
Puntos de interés:
- Mi proporción de Bacteroidetes a Firmicutes es bastante diferente a casi cualquier otro grupo, pero más similar a otras personas que hacen dieta paleo. Todos los demás grupos, incluido el grupo de "todas las muestras", tienen más Firmicutes que Bacteroidetes y las personas que hacen dieta paleo tienen cantidades aproximadamente iguales. Consulte las notas a continuación sobre esto.
- Mis proteobacterias son más altas que cualquier otro grupo, excepto los grandes bebedores (que tienen una proporción enorme en comparación con el promedio de uBiome). El phylum Proteobacteria incluye un quién es quién de tipos malos como cepas de E. Coli, Salmonella, Vibrio y Helicobacter, algo que no es bueno. Sin embargo, mi muestra no mostró ninguno de estos patógenos en particular y no estoy demasiado preocupada por la gran cantidad considerando que estoy embarazada y un estudio que analizó la microbiota intestinal (ver notas a continuación) encontró que las proteobacterias aumentaron en la mayoría de las mujeres por el tercer trimestre. Planeo hacer otra prueba de uBiome después de haber tenido el bebé para comparar.
- Mis actinobacterias (que incluyen bacterias "buenas" como Bifidobacterium) son bajas en comparación con todos los demás grupos, excepto otras personas que hacen dieta paleo, que en promedio tienen cantidades aún más bajas. ¿Esto tiene que ver con el embarazo o tiene que ver con una dieta baja en fibra? ¿Quién sabe?
Proporción de Firmicutes a Bacteroidetes (Relación F/B)
Dos grupos de bacterias beneficiosas son dominantes en el intestino humano, Bacteroidetes y Firmicutes. Un estudio publicado en Nature en 2006 mostró que la proporción relativa de Bacteroidetes disminuye en las personas obesas en comparación con las personas delgadas (las personas obesas tienen más Firmicutes y menos Bacteroidetes), y que la proporción de Bacteroidetes aumenta con la pérdida de peso (otros estudios han encontrado que la la misma cosa). Si descubre que tiene más Firmicutes que Bacteroidetes, es posible que le resulte más difícil perder peso y no recuperarlo que alguien con un perfil diferente.
Siempre he sido delgado y nunca tuve problemas con el peso (mi peso es de entre 8 y 8 1/2 piedras (112-119 libras), por lo que me pareció interesante ver que mi proporción coincidía con lo esperado, es decir, tengo más Bacteroidetes y menos Firmicutes. Sin embargo, mi proporción es bastante diferente a cualquier otro grupo. No tengo idea de si esto es significativo de alguna manera y hay estudios que tampoco han encontrado correlación entre la proporción y la obesidad.
Uno de los tres tipos de ecosistemas intestinales
La existencia de enterotipos intestinales sigue siendo un tema de debate. Sin embargo, lo siguiente, tomado de Wikipedia, explica:
“Un enterotipo es una clasificación de organismos vivos basada en su ecosistema bacteriológico en el microbioma intestinal. Peer Bork y sus asociados anunciaron el descubrimiento de tres enterotipos humanos en la edición de abril de 2011 de Nature. Descubrieron que los enterotipos no están dictados por la edad, el género, el peso corporal o las divisiones nacionales. Hay indicios de que la dieta a largo plazo influye en el enterotipo.
- El tipo 1 se caracteriza por altos niveles de Bacteroides
- Tipo 2 tiene pocos Bacteroides pero Prevotella son comunes
- Tipo 3 tiene altos niveles de Ruminococcus
En un estudio de bacterias intestinales de niños en Burkina Faso (África), Prevotella representó el 53 % de las bacterias intestinales, pero estuvo ausente en niños europeos de la misma edad.
Los estudios también indican que la dieta a largo plazo está fuertemente asociada con la composición del microbioma intestinal:aquellos que comen muchas proteínas y grasas animales típicas de la dieta occidental tienen bacterias predominantemente Bacteroides, mientras que para aquellos que consumen más carbohidratos, especialmente fibra, domina la especie Prevotella. .”
Si hubiera tenido que predecir lo que dominaría en mi intestino, habría dicho Bacteroides ya que he comido una dieta occidental típica durante la mayor parte de mi vida y siempre he comido mucha carne, pescado, huevos y grasas animales. En los últimos dos años he seguido una dieta mayormente de estilo paleolítico, rica en todos estos alimentos. Durante bastantes años antes de descubrir paleo, comí una dieta baja en carbohidratos similar a la dieta Atkins. Así que me parece extraño que mi intestino esté dominado por Prevotella, que según uBiome es más común “en los intestinos de los vegetarianos, los no occidentales y otros que comen una dieta rica en carbohidratos y baja en proteínas y grasas animales”. Como MUCHOS alimentos de origen vegetal además de carne, probablemente alrededor de 8 a 10 porciones de frutas y verduras todos los días, así que tal vez esto explique un poco por qué Prevotella domina.
Diversidad
Si bien el grupo completo de posibles miembros de la microbiota es grande (más de 1000 especies), se encuentra que un número mucho menor, de 150 a 170 especies, predomina en cualquier individuo dado. En general, una alta diversidad de organismos se ha asociado con estados de salud relativamente buenos, mientras que una baja diversidad se ha asociado con estados de enfermedad o disfunción crónica en la literatura científica. Utilizando MG-Rast y con la generosa ayuda de Tim Steele (consulte su blog, que es una fantástica fuente de información), calculé una puntuación de diversidad para esta muestra de 14,67, que es baja. . Según Tim, “en general, para las personas que comen mucha fibra y especialmente almidón resistente, la diversidad estará en el rango de 30-50. Menos diversidad generalmente se asocia con disbiosis intestinal y dietas pobres en fibra”. (Por el momento, sin embargo, no estoy preocupado por esto; consulte las notas a continuación sobre el embarazo). Si desea analizar sus propios resultados de uBiome utilizando MG-Rast, Tim ha creado un tutorial en su blog que puede encontrar aquí.
Cambios en el microbioma durante el embarazo
Cuando tomé esta muestra, tenía aproximadamente 24 semanas de embarazo. Este estudio analizó la microbiota intestinal de mujeres embarazadas en el primer y tercer trimestre con algunos hallazgos interesantes:
"La microbiota intestinal cambió drásticamente desde el primer trimestre (T1) hasta el tercero (T3), con una gran expansión de la diversidad entre las madres, un aumento general de proteobacterias y actinobacterias y una riqueza reducida".
“Describimos una remodelación dramática de la microbiota intestinal en el transcurso del embarazo. La microbiota intestinal del primer trimestre es similar entre sí y comparable a la de los controles sanos normales, pero cambia sustancialmente en su composición y estructura filogenética a lo largo del embarazo. Para el tercer trimestre, la diversidad entre sujetos se ha expandido considerablemente, aunque la diversidad dentro del sujeto se reduce, y se observa un enriquecimiento de Proteobacteria y Actinobacteria en la mayoría de las muestras T3. Además, la abundancia de bacterias relacionadas con la salud se ve afectada. Por ejemplo, Faecalibacterium , que es un productor de butirato con efectos antiinflamatorios que se agota en la enfermedad inflamatoria intestinal (Sokol et al., 2008), es menos abundante en promedio en T3. Para el tercer trimestre, la microbiota de cada mujer ha divergido de maneras que no se pueden predecir a partir de la composición T1 y no se asociaron con el estado de salud o nuestros registros de dieta. No obstante, en la mayoría de las mujeres, el cambio de T1 a T3 incluye un aumento en la abundancia de Proteobacteria, que se ha observado repetidamente en las disbiosis asociadas a la inflamación (Mukhopadhya et al., 2012)”.
“En resumen, hemos demostrado que el embarazo está asociado a una profunda alteración de la microbiota intestinal. La microbiota intestinal del primer trimestre es similar en muchos aspectos a la de los controles masculinos y femeninos sanos no embarazados, pero en el tercer trimestre, la estructura y composición de la comunidad se asemeja a una disbiosis asociada a la enfermedad que difiere entre las mujeres. Los mecanismos subyacentes que dan como resultado la alteración de la microbiota aún no se han aclarado, pero especulamos que los cambios en el sistema inmunitario en las superficies mucosas en particular precipitan cambios en la microbiota, aunque los cambios hormonales también pueden ser importantes.
La disbiosis, la inflamación y el aumento de peso son características del síndrome metabólico, que aumenta el riesgo de diabetes tipo 2 en personas no embarazadas. Estos mismos cambios son fundamentales para el embarazo normal, donde pueden ser muy beneficiosos, ya que promueven el almacenamiento de energía en el tejido graso y favorecen el crecimiento del feto”.
Esto significa que probablemente no pueda leer mucho sobre los resultados de esta muestra, especialmente la puntuación de diversidad o el nivel de Proteobacteria. Planeo tomar otra muestra unas semanas después de que nazca el bebé para poder ver cómo se ve la imagen en ese momento.
Microbios perdidos:¿cuál es el significado?
- Me falta por completo el filo Verrucomicrobia y, por lo tanto, el género Akkermansia . Este género contiene una sola especie gramnegativa (Akkermansia muciniphilia). Estudios realizados recientemente han indicado que Akkermansia muciniphila en el tracto intestinal puede mediar la obesidad, la diabetes y la inflamación, y es una bacteria importante a tener.
- Actinobacterias bajas en general y no se detectó Bifidobacterium . Se cree que las bifidobacterias son extremadamente beneficiosas, sin embargo, al escuchar recientemente a Tim Spector en el podcast Gut Guardians, dijo que aunque la presencia de bifidobacterias se considera un signo de salud en los occidentales, muchos no occidentales no tienen bifido y que esto es no es problemático para ellos.
- Baja Christensenellaceae detectada y sin Christensenella detectado en absoluto.
- Bajo Lactobacillus detectado.
- Otros miembros (a nivel de especie) del "núcleo ancestral" propuesto por Grace Liu no detectados en mi muestra son Roseburia intestinalis, Eubacteria rectale, Bacteroides vulgatus, Alistipes putredinis . Las especies que estuvieron presentes son Faecallibacterium prausnitzii y Ruminococcus bromii . Roseburia fue detectado a nivel de género.
Dado que no soy un experto en nada de esto, realmente no tengo idea de la importancia, si la hay, de estas bacterias faltantes, o si si hago otra muestra después del embarazo, la imagen será diferente. Estoy participando en un seminario web con Grace Liu (www.thegutinstitute.com) y Chris Kelly (www.nourishbalancethrive.com) el 24 de septiembre de 2015, ¡así que tal vez tenga más ideas después de eso!
Patógenos en mi Muestra
La presencia de patógenos en su muestra de uBiome puede ser motivo de preocupación si los niveles son altos. En general, un intestino libre de patógenos será algo bueno. Mi muestra contenía dos especies que son patógenas:
- Prevotella copri:2,4 %
- Cronobacter sakazakii 2,35%
No tengo idea si los niveles de estos se consideran altos o si son motivo de preocupación. No parecía haber ninguna de las especies patógenas más conocidas, como E.coli, Salmonella, Shigella o H. pylori, en mi muestra. Es posible que haya bacterias patógenas residiendo en el intestino que no causen ningún problema y que solo después de, por ejemplo, un ciclo de antibióticos, estos patógenos puedan florecer y causar un problema.
¿Qué puede hacer para mejorar su perfil de microbiota intestinal?
Para promover y mantener los comensales bacterianos beneficiosos, considere agregar probióticos (bacterias vivas), aumentar la cantidad de fibra en su dieta y/o suplementos prebióticos (productos para apoyar la microbiota autóctona).
Probióticos
- Lactobacillus
- Bifidobacterias
- Organismos del suelo
Creo que uno de los mejores probióticos disponibles ahora en el mercado (y también fabricado en el Reino Unido) es Elixa-Probiotic que contiene una fuerza muy alta de 9 cepas de Lactobacillus y Bifidobacteria. Tommy Wood y yo grabamos recientemente un episodio de Eat Better Podcast con Karl Seddon, el fundador de Elixa, que puedes escuchar aquí.
Aumentar la cantidad de fibra en su dieta
Prebióticos
- Psilio
- Beta-glucano (salvado de avena)
- Fructo-oligosacáridos (yacón)
- Galacto-oligosacáridos (Bimuno)
- Inulina (polvo de raíz de achicoria)
- Arabinogalactano
- Acacia (fibra de panza de brezo)
Botánicos
Los productos botánicos (berberina, neem, etc.) también pueden usarse para disminuir o modular las bacterias intestinales. Para obtener más información sobre esto, lea cualquier cosa en el blog de Grace Liu.
Lea acerca de Mi experimento paleolítico con alto contenido de fibra y esté atento a las actualizaciones después de que haya enviado muestras posteriores a uBiome.
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